第1次冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。 原本被选中的孩子们都进入中学，他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码兽伙伴。 某日，一个自称数码皇帝的凶暴少年突然出现攻击数码兽，还利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码兽们。在他的处处 逼迫之下，数码兽迫于无奈展开战斗。